ב-13 במרץ 1881, הצאר אלכסנדר השני נרצח בסנט פטרסבורג כאשר פצצה שהושלך לעבר מרכבתו התפוצצה. הוא נסע הביתה למעונו הקיסרי בארמון החורף. מותו היווה נקודת מפנה גדולה בהִיסטוֹרִיָה יהודית. יהודים נהנו מאוד מהצאר הזה, שהקל על רבים מהחוקים שאביו, הצאר ניקולאי הראשון, חוקק נגד היהודים.
הצאר אלכסנדר השני ביטל את השיטה הקנטונית לפיה גברים יהודים בין הגילאים 12 עד 18 גויסו לשירות צבאי של 25 שנים. הוא התיר לכמה יהודים לחיות מחוץ לחיוורון ההתיישבות, אזור רוסיה ששילב חלקים מפולין של ימינו, אוקראינה, בלארוס, מולדובה, לטביה, ליטא ואסטוניה, שם נאלצו יהודים לחיות לאחר 1835. הוא גם איפשר ליהודים להתקבל בבתי ספר תיכוניים ובאוניברסיטאות. בתקופת שלטונו של הצאר אלכסנדר, יהודים רבים נכנסו למקצועות הרפואה והמשפטים, ותעשיינים יהודים בנו מסילות ברזל ומפעלים. בנקאים יהודים תרמו להרחבת כלכלת המדינה.
בגלל ההגבלות הרגועות של הצאר אלכסנדר השני בכל הנוגע למגורים בחיוור ההתיישבות, הוקמו שתי קהילות יהודיות מרכזיות: אחת במוסקבה ואחת בסנט פטרסבורג. אלכסנדר השלישי היה רק בן 36 בזמן מותו של אביו. במקום לייחס את רצח אביו לכשל ביטחוני, הוא טען שהמדיניות הליברלית של אביו גרמה למותו. אנטישמי יסודי, אלכסנדר השלישי החליט שהוא ישלוט אחרת וביסס את כוחו עם אכיפה קפדנית של תקנות אנטי-יהודיות, כולל גבולות חדשים למסחר ולעסקים יהודיים. תחת המשטר החדש היו פוגרומים נרחבים. מצבה של יהדות רוסיה הידרדר עד כדי הגירה המונית.
הרב יצחק אלחנן ספקטור
במהלך המחצית השנייה של המאה ה-19 היה הרב יצחק אלחנן ספקטור מקובנה הסמכות הרבנית הבכירה ברוסיה. הוא לא היה רק הפוסק הדור אלא פעל ללא לאות עם אסקנים רוסיים לשיפור מצב היהודים ברוסיה. הוא היה הכוח המניע מאחורי ועידת רבני רוסיה של 1879 ושל 1885, והוא כינס פגישות של נציגי הקהילה בעקבות הפוגרומים של 1881-82. הרב אלחנן סמך רבות על הנדבן היהודי ברון נפתלי הרץ (הוראס) גונצבורג, שעשוי להיחשב כמקבילה הרוסית של הברון הצרפתי רוטשילד. פגישות רבות בנושא המצב הפוליטי של יהדות רוסיה התקיימו בביתו המפואר של הברון גונצבורג בסנט פטרבורג. במכתב לאסקן רוסי אחר, כתב הרב ספקטור: "אני יודע היטב את כבוד חברי היקר, הברון גונזבורג. לבו שלם עם ה' ועם היהדות, הוא פועל בלב שלם להצלת תורתנו הקדושה…"
הברון גונצבורג הצליח בהסרת חוקים המפלים נגד יהודים בשירות צבאי ובהשגת חופש תנועה גדול יותר לסוחרים ובעלי מלאכה יהודים. גונצבורג דחק בממשלה לבטל את "חוקי מאי" אנטישמיים משנת 1882 שפרסמו שר הפנים איגנטייב. הוא גם השתתף בעבודת ועדת פאלן בשנים 1883–1888, שסקרה את החוקים הנוגעים ליהודים. הפילנתרופיה מרחיקת הלכת של הברון גונצבורג הוראס גונצבורג היה יהודי שומר מצוות, מנהל הבנק הקיסרי הרוסי בסנט פטרבורג, שהקים אביו יוסף גונצבורג. הוראס היה זה שעמד בראש הוועדה שבנתה את בית הכנסת המקהלה המפואר בסנט פטרסבורג, השני בגודלו באירופה עם קיבולת של יותר מ-1,200. (הגדול באירופה הוא בית הכנסת דוהאני בבודפשט.) כיום משמש בית הכנסת בסנט פטרסבורג כמרכז הקהילה היהודית. שוכנים בו מקווה, מרכז חב"ד, מסעדה כשרה ואולם חתונות. חלק ניכר מהכסף לבניית בית הכנסת הגדול הזה נתרם על ידי הברון גונצבורג.
בשנת 1878 הואשמו יהודים בכפר בגאורגיה בסביבת קוטאיסי ברצח של ילדה בת שש. המשפט התקיים בשנת 1879, והנאשמים זכו, ברוך השם, לפטור. הברון גונצבורג סבסד פרסום ספר המגן על היהודים ועל תולדות עלילת הדם ההיא מאת מלומד, דניאל צ'וולסון, כתגובה לסופרים האנטישמיים הרבים שזיהמו את מוחות הציבור נגד התלמוד, שלטענתם חילל את דת הנוצרי.
הברון גונצבורג ניסה לא רק לשפר את הדיכוי הרשמי אלא גם תמך בארגוני צדקה לטובת אחיו היהודים. בשנת 1893 הוא הפריש 1,350 דונם מאחוזתו בבסרביה להקמת מושבה חקלאית יהודית בה כיהן כיושב ראש. מנהיגים יהודים בראשות הברון גונצבורג עתרו למשרד הפנים הרוסי בבקשה לאשר קרן צדקה יהודית לכבוד 25 שנה למלכותו של אלכסנדר השני. הפרויקט אושר על ידי השלטונות וניתן אישור ב-22 במרץ 1880 להקים את הוועדה הזמנית של ארגון אורט המקורי. מטרתו הייתה לסייע ליהודים עניים לרכוש מיומנויות שיאפשרו להם להיות עצמאיים.
אורט, ראשי תיבות רוסיים המייצגים את האגודה לקידום מקצועות מיומנות, היא כיום בת יותר מ-130 שנה והתפתחה לארגון חובק עולם עם סניפים ביותר מ-100 מדינות. הברון גונצבורג ו שמואל פוליאקוב, האחרון הידוע כמלך מסילות הברזל בשל מסילות הברזל הרבות שבנה ברוסיה, תרם כל אחד 25,000 רובל להקמתה. ב-1908 הברון גונצבורג היה שותף להקמת החברה היהודית ההיסטורית האתנוגרפית בסנט פטרבורג. החברה קיימה הרצאות על ההיסטוריה היהודית והקימה ספרייה, ארכיון ומוזיאון. הוא העניק פרסים למחקר היסטוריה יהודית, אבל המשימה העיקרית שלו הייתה פרסום של רבעון היסטורי Yevreyskaya Starina (עתיקות יהודיות), שפרסם מחקרים, זיכרונות ומסמכים.
לאחר מהפכת 1917 פרסמה החברה שני כרכים של מסמכים על מקורות הפוגרומים של 1881 ו-1903 ברוסיה. פעילותו של הברון לא הוגבלה לסיוע יהודי. ממשלת רוסיה קראה לו לעתים קרובות להתייעץ לגבי חוקים העוסקים בבורסה ובמוסדות עסקיים גדולים אחרים. הוא היה תורם נדיב לבניין מבית החולים לבורסה, נאמן של בית הספר למסחר של הצאר ניקולאי השני, חבר כבוד בוועדה של בית החולים לתינוקות הנסיך אולדנבורג משנת 1863, והחל משנת 1876 חבר כבוד של החברה לשיפור מצבם של ילדים עניים של סנט פטרבורג. בשנת 1890 הוא נבחר לנשיא האגודה להיגיינה והשכרה נמוכה של בתים בסנט פטרסבורג.עלעבודתהצדקהיוצאתהדופןשלועוטרהוראסגונצבורגבכמהמסדריםומדליותרוסיות.יחדעםהנסיךאולדנבורגסקי,הואהיהמייסדהמכוןהארכיאולוגישלסנקטפטרבורג,מייסדהמכוןלרפואהניסיונית,נאמןוחברמועצתהמנהליםשלמספרמוסדות,כוללכמהבתי יתומים ובתיחולים,וחברבוועדתהצדקהשלהדומאהעירונית. רקעמשפחתיבגונצבורג משפחתגונצבורגהגיעהלביילורוסיהכמהמאותשניםקודםלכןמגרמניהדרךפולין.הרבגבריאליעקבגונצבורג,סבושלהוראס,התגוררבוויטבסקוהיהרבועשירמאוד.הרבגונצבורגהיההבעליםשלהזיכיוןלגבייתמסהוויסקיבחציהאי קרים.עםפטירתוצברבנויוסףמיליוניםבאמצעותזיכיוןזה.רביגבריאליעקבהיהדור שלושה עשרלרבניגונזבורגשכיהנובעריםברחביהאימפריההרוסית,כוללוילנה,סלוצק,קובנהופינסק. אשתושלהרבגבריאליעקב,לאה,הוראס
