המוזיאון ההיסטורי היהודי של בלגרד נוסד לאחר מלחמת העולם השנייה על ידי ניצולי השואה שחשו מחובתם לאסוף חומר על הפשעים נגד היהודים, לרשום את האנדרטאות היהודיות שנהרסו, לתעד את ההרוגים או נפל בקרב ולהשתתף באופן פעיל בחיפושים אחר פושעי המלחמה. מאוחר יותר הורחב האוסף כדי להציג פנורמה של 2000 שנות חיים יהודיים באזור שהפך לאחר מלחמת העולם הראשונה למדינת יוגוסלביה המודרנית, ולהציג את החיים היהודיים העכשוויים במדינה.
המוזיאון שוכן באולם גדול בבניין הפדרציה של הקהילות היהודיות ומחולק למספר חלקים. החלק הראשון, משמאל לכניסה, מוקדש ליישובים היהודיים המוקדמים בשטחים – חלק מיוגוסלביה המודרנית – שהיו אז תחת שלטון רומי. תצלומים והעתקים של ממצאים ארכיאולוגיים ממחישים את תיאורי הקהילות המוקדמות.
החלקים הבאים מתארים את החיים היהודיים בימי הביניים ובזמנים המודרניים. כאן מוצגים מסמכים, חפצי טקס ותצלומים וכן ייצוגים אמנותיים של חיים ואישים יהודיים. חלקים אחרים מציגים את גורלה של יהדות יוגוסלביה במהלך מלחמת העולם השנייה. השמדת הקהילות היהודיות והתפקיד הבולט שמילאו היהודים בהתנגדות ובמלחמת השחרור. חלקם של היהודים בשינוי הפוליטי של המדינה לאחר תום מלחמת העולם השנייה מומחש גם כן.
בסוף ישנו חלק המוקדש לכינון מחדש של חיי הקהילה היהודית לאחר המלחמה ולפעילות הנוכחית של הפדרציה של הקהילות היהודיות.
בנוסף לתערוכה הקבועה, הוצגו במוזיאון מספר תצוגות המוקדשות לנושאים ספציפיים. באביב האחרון לרגל יום השנה השלושים להקמת המוזיאון, התקיימה תערוכה של "בדים רקומים מאוספים יהודיים ביוגוסלביה".
בין החפצים שהוצגו היו וילונות לארון הקודש, גלימות תורה, כיסויי בימה, חפות, תיקי טלית ותפילין, רצועות תורה, וכן כיסויי מצות, כיסויים לחלות שבת, מגבות רקומות וכריות, אנטריות וטוקדו – חלוקים וכיסויי ראש, בהתאמה, הנלבשות על ידי נשים ספרדיות בבוסניה והרצגובינה – ומלבושים ומוצרים אחרים. המוזיאון המשמש כמרכז למחקר היסטורי ואמנותי יהודי פרסם קטלוג מאויר עשיר של התערוכה.
פרסומים נוספים של המוזיאון כוללים את "זבורניק", מגוון ממדעי היהדות המופיע בערך אחת לשנתיים, כל גיליון מוקדש לנושא מסוים. עד כה הופיעו שלושה נושאים. הראשון כלל מחקרים על הקהילה היהודית של דוברובניק. השניים האחרים עסקו בעיקר בהיסטוריה של יהדות יוגוסלביה במהלך מלחמת העולם השנייה. שני ספרים מעניינים על פולקלור ספרדי ולדינו (יהודי-אספנול) יצאו לאור בשנים האחרונות במוזיאון.
"פתגמים ואמירות של יהודי בוסניה והרצגובינה הספרדים", שהופיע ב-1972, יצא לאור על ידי המוזיאון בשיתוף מכון בן צבי בירושלים. הספר מבוסס על חומר שנאסף על ידי ד"ר שמואל ב' פינטו זצ"ל והרב דניאל דנון, מאת מר אברהם פינטו, ועל ידי כמה אחרים ששמותיהם אינם ידועים. בשנה שעברה פרסם המוזיאון "פתגמים, אמרות וסיפורים של יהודי מקדוניה הספרדים" מאת זמילה קולונומוס.
שני הספרים, בנוסף לטקסטים בלדינו, מכילים הקדמות בסרבו-קרואטיה, בעברית ובאנגלית. ז' קולונומוס, שספרה מאויר בשפע richly illustrated , מתארת בהקדמתה את תולדות היהודים בחלק היוגוסלבי של מקדוניה, את חיסולם במלחמת העולם השנייה וחלקם במאבק בכוחות הכיבוש. זמילה קולונומוס, כיום בפקולטה לפילולוגיה של אוניברסיטת סקופיה, הייתה בעצמה לוחמת התנגדות וזכתה בעיטורים ובפרסים גבוהים. היא מילאה תפקיד בולט בחיים הציבוריים וכעת היא חברה במועצת הרפובליקה של מקדוניה.
היא המחברת של מחקרים בתחום הלדינו (ג'ודיאו-אספגנול).
המוזיאון פרסם גם גלויות תמונות המציגות פריטים שונים מהתערוכה. אלה כוללים תצלומים של חפצים טקסיים, של בית הכנסת בסרייבו ושל פינת אגף המציגה את מות הקדושים של יהדות יוגוסלביה במהלך מלחמת העולם השנייה ורפרודוקציה של ציורו של דניאל קבילג'ו ""נשים ספרדיות בסרייבו".
המוזיאון מנוהל על ידי צוות מקצועי. לוצי פטרוביץ', כיום מזכיר הפדרציה של הקהילות היהודיות שימש במשך שנים רבות כאוצר.curator ד"ר וידוסבה נדומאקי, פרופסור לארכיאולוגיה של המזרח התיכון באוניברסיטת בלגרד, קשורה למוזיאון במשך זמן רב וכיום היא יושבת ראש ועדת הפדרציה למוזיאון. כאן בניו יורק פגשנו את ניקולה ויזנר שבמשך ארבע שנים היה אוצר curator המוזיאון. הוא למד תולדות האמנות באוניברסיטת בלגרד וכעת מתכונן לדוקטורט שלו באוניברסיטת סיטי של ניו יורק. הוא מתמחה באמנות מודרנית והיה רוצה לעבוד במוזיאון או בגלריה לאמנות בניו יורק. הוא מילא לנו פרטים חשובים על התפתחות המוזיאון ועל חיי הקהילה היהודית בבלגרד.
