יום שישי, 2 ביוני 1967, בשעה שש בבוקר הודיע רדיו ישראל כי הוקמה ממשלה ארצית חדשה המורכבת מהמפלגות הגדולות. הבשורה התקבלה בהקלה רבה. המדינה הייתה במצב של מצור. חיילים ערבים התאספו על גבולותיה, מוכנים לפלישה. איום המלחמה נשא בכבדות את המזרח התיכון. במשך שבועות העם קרא להקמת הנהגה מאוחדת שתעמוד באתגר הערבי. סוף סוף הוקם קבינט של אחדות לאומית! גם הרב יהושע הוטנר היה מרוצה, אבל הוא חש עצוב שהממשלה החדשה לא כוללת את אגודת ישראל. הרב הוטנר, המנהל הנמרץ של "יד הרב הרצוג" (המכון הגבוה לחקר התלמוד) ושל האנציקלופדיה התלמודית, הוא חבר מוביל במזרחי מזה שנים רבות. עם זאת, הוא מעולם לא היה "איש מסיבות" במובן הצר של המילה. בעבודתו הקהילתית והלמדנית שיתף פעולה ונהנה מידידותם ותמיכתם של רבנים, תלמידי חכמים והדיוטות, וקידום האחדות בתוך המחנה הדתי היה מאז ומתמיד אחד ממפעליו העיקריים.
אגודת ישראל השתתפה בממשלות הקואליציה הראשונות של ישראל. בשנותיה הראשונות של המדינה, האגודה היוותה חלק מהחזית הדתית המאוחדת. כעת, לאחר שהוקם בישראל לראשונה קבינט של אחדות לאומית, חשב הרב הוטנר שזה רק הוגן שאגודת ישראל תשתתף. הזמן התאים גם לכינון מחדש של החזית הדתית המאוחדת. הרב הוטנר שלח מיד כבלים למשה חיים שפירו, מנהיג המזרחי ושר הפנים שהיה האדריכל הראשי של הקבינט האחדות הלאומית ולרב יצחק מאיר לוין, מנהיג אגודת ישראל, וקורא להם לעשות כל שביכולתם כדי לכלול את אגודה בממשלה החדשה. הרב לוין השיב שלא פנו למפלגתו אך הם מוכנים למשא ומתן. שפירו ביקש מהרב הוטנר לבקר אותו ביום שני שלאחר מכן במשרדיו. למחרת בבוקר יום שני בשעה 7:45 בבוקר טלפן הרב הוטנר לשפירא לאשר את המינוי. חיל האוויר הישראלי כבר הפציץ אז שדות תעופה מצריים. אוכלוסיית ישראל, לעומת זאת, עדיין לא הייתה מודעת לכך שהמלחמה החלה.
השר שפירא, כמובן ידע. הוא לא הזכיר מילה לרב הוטנר – הוא רק אמר לו שהוא מצפה לראותו בקרוב. בשעה 8:10 בבוקר הודיע רדיו ישראל כי "פרצו קרבות בנגב". קצת אחרי השעה 10 הגיע הרב הוטנר למשרדו של שפירו. השר בירך אותו בבשורה כי כל שדות התעופה המצריים הופצצו וכי על פי הדיווחים האחרונים 109 מטוסי אויב הוצאו מכלל פעולה. לאחר מכן דנו בהשתתפות אגודת ישראל בקבינט.
הרב הוטנר אמר עם דמעות בעיניו: "זו מלחמת ה'". לנאצר, כשסיפר לו שהישראלים אורזים את בתי הכנסת ואומרים תהילים, הכריז ברדיו קהיר: "נראה אם אלוקי התהילים יעזור להם". לכן, מה שהיינו צריכים זה לא רק קבינט של אחדות לאומית, אלא כזה שכל המפלגות הדתיות היו מיוצגות בו. השר שפירו חשף כי לאחר הקמת הממשלה החדשה פנה בעניין לראש הממשלה אשכול בבקשה להצטרף לאגודת ישראל ואמר כי ימשיך במאמצים בכיוון זה. יצחק רפאל, מנהיג מזרחי בדרגה, הבטיח לרב הוטנר הבטחה דומה.
במהלך הימים הבאים האירועים נעו במהירות. עד יום ראשון הבא ישראל איחדה את הגזרות הישן והחדש של ירושלים והם כבשו את רצועת עזה, חצי האי סיני, הגדה המערבית של הירדן ורמת הגולן בסוריה. הפחד והדאגה שגרמו להקמת הקבינט של אחדות לאומית פינו את מקומם לשמחה ולצהלה. ישראל עדיין עמדה בפני בעיות חמורות רבות, אך הן היו שונות מאלו שלפני המלחמה. בין היתר כתוצאה מהמצב החדש, המאמצים להכנסת אגודת ישראל לממשלה לא עלו הרבה. הרב יהושע הוטנר נמצא כיום בארצות הברית מטעם המוסדות שבראשו הוא עומד. האנציקלופדיה התלמודית היא מפעל גדול של למדנות יהודית. הוא מייצג תקציר של השקפות ותפיסות הלכתיות, מהתקופות הקדומות ביותר ועד ימינו. בין כריכותיו מתמצה תכנים של מאות כרכים שנכתבו לאורך הדורות. מסודר ומורכב היטב בעברית היפה, משך אליו אלפי מנויים ברחבי העולם והוסיף לאין שיעור ללימוד והבנת ההלכה. בעשרים השנים האחרונות הופיעו 12 מתוך שלושים הכרכים הצפויים. הכרך השלושה עשר נדפס כעת.
על מנת להנגיש את היצירה לחוגים גדולים יותר, החלה הוצאת מהדורה באנגלית. הכרך הראשון של המהדורה אמור להופיע לאחר שנה זו. בנוסף לאנציקלופדיה, "יד הרב הרצוג" פרסמו עוד יצירות רבות וחשובות של למדנות התלמוד. "לימוד התורה מאחד את העם היהודי", הכריז הרב הוטנר, שתמיד מחפש אחדות, לאחר הגעתו לניו יורק.
